La colonisation se définit par la présence d'une bactérie normalement absente chez un individu. Cette bactérie peut être un pathogène (responsable de maladie) ou une bactérie résistante à de nombreux antibiotiques (multi-résistante). Les personnes colonisées ne sont pas malades mais sont susceptibles de le devenir ou de transmettre la bactérie à d'autres personnes chez qui elle pourrait provoquer une maladie.