ECBU

Synonymes: Uroculture
Nom officiel: Examen cytobactériologique des urines
Examens apparentés: Bandelettes urinaires, Hémoculture, Sensibilité aux antimicrobiens

D'un coup d'oeil

Pourquoi faire cet examen de biologie médicale ? 
Pour diagnostiquer une infection urinaire.

 

Quand est-il demandé ?
Lorsque vous présentez les symptômes d’une infection urinaire, c’est-à-dire un besoin impérieux d’uriner souvent et douloureusement avec, en cas d’infection urinaire compliquée, des douleurs dans le bas du dos ou de la fièvre. Ou encore quand la bandelette urinaire suggère l’existence d’une infection urinaire, même en l’absence de symptômes.

 

Quel type de prélèvement ? 
Un échantillon d’urine généralement prélevé en milieu de jet. Plus rarement, un 1er jet urinaire ou encore un prélèvement d’urine par sondage ou par ponction sus-pubienne. Quel que soit le mode de recueil, une analyse d’urine doit se faire avant de prendre des antibiotiques car ceux-ci pourraient fausser les résultats de l’analyse.

Le prélèvement

Qu'est-ce qui est analysé ?

Un ECBU consiste en un examen cytologique et bactériologique des urines. Un ECBU peut être effectué dans le but de diagnostiquer une infection ou pour contrôler l’efficacité du traitement antibiotique.
La présence de pus visible à l’œil nu (pyurie) ou au microscope, de leucocytes (leucocyturie) et de germes en quantité significative (bactériurie) définit l'infection urinaire. Si ces signes biologiques sont accompagnés de symptômes d’infection tels qu’un besoin impérieux d’uriner souvent et douloureusement, on parle d’infection urinaire symptomatique. Dans le cas contraire on parle d’infection urinaire asymptomatique.
L’urine est produite par les reins, qui sont situés de part et d’autre de la colonne vertébrale à la base de la cage thoracique. Les reins filtrent le sang et éliminent les déchets dans l’urine. L’urine passe du rein à la vessie par des tubes appelés uretères. L’urine est stockée dans la vessie en attendant d’en être évacuée par un autre tube appelé urètre. A l’état normal, l’urine est un liquide jaune, limpide et stérile (c’est-à-dire qu’elle ne contient aucun micro-organisme).
Une infection qui se limite à l’urètre s’appelle une urétrite. Des bactéries (ou plus rarement des levures) peuvent parfois remonter l’urètre et causer une infection urinaire. Quand l’infection urinaire remonte jusqu’à la vessie, mais pas au-delà, on dit qu’il y a infection du bas appareil (ou infection basse). La prostatite et la cystite sont deux exemples d’infections du bas appareil (voir explications plus bas). La cystite désigne une infection de la vessie. La prostatite désigne une infection de la prostate. Quand l’infection atteint le rein ou les uretères, il s’agit d’une infection urinaire du haut appareil (ou infection haute). L’infection qui atteint les reins s’appelle pyélonéphrite.

Quand le technicien de laboratoire réceptionne l’échantillon d’urine, il effectue un examen macroscopique de l’urine où il note:

  • l’aspect: limpide, ou trouble (cet aspect suggère la présence de leucocytes), ou hématurique (cet aspect suggère la présence de sang).
  • la couleur: jaune pâle, jaune foncé (ce qui renseigne sur la concentration en eau de l’urine).
  • l’odeur: si l’odeur est fétide, il pensera aux bactéries anaérobies.
  • la présence de filaments dans les urines suggère une infection de l'urètre.

Il ensemence rapidement les milieux de culture de base (chaque milieu se présente sous forme d’une mince couche de substance nutritive gélifiée) à raison d’une goutte d’urine par milieu de culture. Cet ensemencement doit être effectué rapidement après émission de l’urine car l’urine est un excellent milieu de culture et les résultats risqueraient fort d’être faussés si l’on tardait trop. Si l’ensemencement doit être différé de plus d’une heure par rapport au prélèvement de l’urine, il peut être conseillé de placer l’urine au réfrigérateur, sans toutefois dépasser 2 ou 3 heures au plus (voir paragraphe ci-dessous).
Le technicien place également une goutte d’urine dans une micro-cellule en verre de volume précisément égal à 1mm3. Il compte ensuite au microscope le nombre de leucocytes et le nombre de globules rouges contenus dans ce mm3. Dans une urine normale, le nombre de leucocytes doit être inférieur à 5/mm3, soit 5000/ml. Au delà de ce chiffre, on dit qu’il y a une leucocyturie. Il existe de rares infections urinaires sans leucocyturie, par exemple si le patient est sévèrement leucopénique (ce qui signifie qu’il est incapable de fabriquer des leucocytes en quantité suffisante, par exemple certains nouveaux-nés ou femmes enceintes, ou encore suite à une irradiation ou à une chimiothérapie anti-cancéreuse) ou encore si le patient a beaucoup bu avant le prélèvement d’urine ce qui dilue l’urine et peut masquer la leucocyturie. Le technicien note aussi la présence, en précisant leur quantité, d’autres éléments éventuellement présents tels que:

  • des cellules épithéliales qui signeraient une contamination vaginale chez la femme, ce qui ne permettrait pas d’interpréter correctement le résultat de l’ECBU,
  • des cellules rénales, vésicales ou de débris ou conglomérats cellulaires tels les cylindres granuleux, hématiques ou hyalins,
  • des microorganismes,
  • des cristaux, en précisant également leur nature, voire leur taille et leur capacité à s’agréger entre eux.

La présence de certains cristaux n’est toutefois interprétable que si l’urine a été prélevée à jeun et si l’examen a été effectué dans l’heure qui suit le prélèvement,

  • de Trichomonas (ces derniers se repèrent surtout grâce à leur mobilité qui se perd progressivement puis totalement en quelques heures après le prélèvement),
  • de spermatozoïdes.

En fonction des examens macroscopique et microscopique ou des renseignements cliniques dont il dispose ou de la prescription médicale, le technicien peut être amené à ensemencer des milieux de culture supplémentaires, pour mettre en évidence des bactéries ne cultivant pas ou mal sur les milieux usuels, telles que les mycobactéries (familles de bactéries responsables notamment de la tuberculose), bactéries anaérobies, Haemophilus, levures ou à utiliser d’autres techniques pour mettre en évidence des bactéries telles que Chlamydiae trachomatis (bactérie transmise par voie sexuelle qui peut causer des urétrites ou d’autres types d’infections génito-urinaires, pouvant parfois se compliquer d’une infertilité).
Les milieux de culture sont ensuite placés à 37°C (c’est-à-dire à la température de l’organisme) pendant au moins 18 à 24 heures.
Les micro-organismes présents dans l’urine se multiplient jusqu’à devenir visibles sous la forme de petites colonies circulaires de +/-1 mm de diamètre. La taille, la forme, l’aspect, la couleur de ces colonies sur les différents milieux de culture constituent autant d’indications sur la nature des bactéries. Le nombre de colonies indique la quantité de bactéries présentes dans l’échantillon d’urine. Habituellement, dans une infection urinaire franche, il y a plus de 1.000.000 colonies par mL. Si le patient a beaucoup bu avant de faire son ECBU, ce nombre peut être divisé par 10 par simple dilution de l’urine. Si l’urine a eu peu le temps de séjourner dans la vessie, ce nombre peut être divisé par plus de 10. Si le nombre de bactéries en culture diminue en deçà de 10.000/mL, une contamination de l’urine (sans rapport avec une infection urinaire) est à envisager, sauf si le patient a reçu un traitement antibiotique dans les 24 à 48 heures précédant l’ECBU. Les contaminations sont dues à un prélèvement défectueux. Elles sont dues à des bactéries présentes sur la peau ou sur les muqueuses (vaginale ou anale) et qui sont entrainées dans l’urine lors du prélèvement.
En règle générale, dans une infection urinaire, une seule espèce de bactérie est présente. Bien qu’il existe parfois des infections impliquant plusieurs espèces de bactéries, la présence de plusieurs bactéries signe généralement une contamination.
Le technicien pratique ensuite divers tests sur les colonies isolées sur les milieux de culture. Il peut commencer à observer les bactéries au microscope, où il apprécie leur forme allongée ou arrondie, leur mobilité éventuelle, leur capacité éventuelle à retenir les colorants utilisés pour la coloration dite de Gram. Par exemple, la bactérie Escherichia coli (également appelée colibacille), qui est responsable de la majorité des infections urinaires, est un bacille à Gram négatif (c’est-à-dire qu’il apparaît sous la forme de petits bâtonnets roses), tandis que Lactobacillus, qui est un contaminant vaginal usuel des urines féminines est un bacille à Gram positif (c’est-à-dire qu’il apparaît sous la forme de bâtonnets violets un peu plus fins et longs que le colibacille). Certaines de ces bactéries, par exemple les Lactobacillus, ne sont pas pathogènes (c’est-à-dire qu’elles ne causent pas d’infection) et ne nécessitent pas de tests supplémentaires.
Si la leucocyturie est supérieure à 5/mm3 et si la bactériurie est mono-microbienne et supérieure ou égale à 100.000/mL, et s’il s’agit de bactéries potentiellement pathogènes, notamment les bacilles à Gram négatif, il est nécessaire de poursuivre l’analyse par des tests additionnels afin de déterminer l’espèce bactérienne et de tester la sensibilité de cette espèce aux antibiotiques. C’est ce que l’on appelle l’antibiogramme.
Les situations dans lesquelles, le technicien peut être amené à ne pas poursuivre l’analyse bactériologique (et donc à ne pas faire d’antibiogramme) sont indiquées dans le tableau ci-dessous avec les commentaires qu'il peut alors adresser au médecin.  Ne connaissant pas forcément les motivations du prescripteur, il est plus prudent si on décide de ne pas poursuivre l’analyse bactériologique de conserver les cultures bactériennes quelques jours voire une semaine au laboratoire afin de pouvoir poursuivre l’analyse si le médecin le demandait de manière différée. L’antibiogramme évalue la capacité de la bactérie isolée à pousser ou non en présence de divers antibiotiques de façon à savoir quel traitement antibiotique a le plus de chances d’être efficace pour guérir l’infection.

 

Nombre de leucocytes
par mm3

Nombre de colonies
par mL

Nombre de types
de bactéries
Réponse du laboratoire
<5a 0   Cultures stériles
>5a 0, à confirmer après 48 heures d'incubation   La présence d'une leucocyturie sans bactéries suggère plusieurs causes possibles: traitement antibiotique préalable, recueil défectueux de l'urine, diurèse abondante, atteinte rénale, infection génitale, tuberculose ou toute infection à bactérie ne cultivant pas sur les milieux usuels (anaérobies notamment).
<5a <10 000    1 Culture mono-microbienne non significative quantitativement avec absence de leucocyturie significative.
<5a <10 000 >1 Culture poly-microbienne non significative quantitativement avec absence de leucocyturie significative.
<5a >=100 000 1b La discordance entre l'absence de leucocyturie significative et la bactériurie mono-microbienne ne permet pas de conclure.
<5a >=100 000 >1b La discordance entre l'absence de leucocyturie significative et la bactériurie poly-microbienne ne permet pas de conclure.
>5 <10 000 1g La culture de bactéries en quantité non significative rend cet ECBU difficilement interprétable malgré la leucocyturie.
>5a <10 000 >1g La culture de bactéries variées et en quantité non significative rend cet ECBU difficilement interprétable malgré la leucocyturie.
>5a >=100 000 >1g La culture de bactéries variées rend cet ECBU difficilement interprétable malgré la leucocyturie.

 

 

Présence de cellules épithéliales à l’examen microscopique d’une urine féminine ou présence de Lactobacillus en culture. Culture ou examen direct évoquant une contamination vaginale, ce qui ne permet pas d’interpréter une éventuelle leucocyturie. Renouveler l'examen, à distance de tout traitement antibiotique, sur les premières urines du matin recueillies en milieu de jet après toilette locale et protection vaginale.

Légendes

 

a le seuil de 5 leucocytes est valable pour une urine sans hématurie (c’est-à-dire sans globules rouges). En présence d’une hématurie, le seuil peut être augmenté à raison d’un leucocyte pour 1000 globules rouges (ce qui correspond à la proportion que l’on retrouve dans le sang).

b dans ces deux situations, l’antibiogramme sur la bactérie unique ou bien sur une ou deux bactéries dominantes peut être effectué d’emblée s’il s’agit d’un enfant âgé de moins de 1 an ou d’une femme enceinte ou d’un patient porteur d'une sonde urinaire et surtout en cas de patient sévèrement leucopénique car dans ce type de situation une infection urinaire est possible même en absence de leucocyturie significative.

g dans ces trois autres situations, l’antibiogramme sur la bactérie unique ou bien sur une ou deux bactéries dominantes peut être effectué d’emblée s’il s’agit d’un enfant âgé de moins de 1 an ou d’une femme enceinte ou d’un patient sondé.

La présence de certaines bactéries peut faire évoquer des pathologies sous-jacentes. Par exemple, la découverte de Proteus mirabilis (avec une leucocyturie significative) doit faire suspecter l'existence d'un calcul urinaire car ces germes (le mot germe est un synonyme du mot bactérie) ont le pouvoir de provoquer leur formation. De même, la découverte de Salmonella non typhi (avec une leucocyturie significative) doit faire suspecter l'existence d'un problème urologique (occulte) ou une immunodépression ou une infection par un schistosome ou un contact avec des animaux exotiques.
Une banale cystite peut s’accompagner de la présence de globules rouges dans l’urine (ou hématurie). Toutefois, en présence d’une hématurie, il faudra toujours penser qu’une autre cause, responsable à la fois de l’infection et de l’hématurie, peut exister, notamment un calcul de la vessie, une tumeur de la vessie ou du rein, une bilharziose.

 

Comment l'échantillon est-il recueilli ?
Pour un ECBU, l’urine peut être prélevée à toute heure du jour. Toutefois, il est préférable de recueillir l’urine le matin au réveil. Il est également souhaitable que l’urine ait séjourné au moins 3 heures dans la vessie afin que le nombre de bactéries soit suffisant pour la culture. Et surtout, il est nécessaire de faire un ECBU avant de débuter un traitement antibiotique (ou après au moins 48 heures d’arrêt d’un tel traitement) sous peine d’empêcher les bactéries de pousser.
Lors du prélèvement, il faut éviter de contaminer l’urine par des bactéries présentes sur la peau ou les muqueuses (notamment les muqueuses anales ou vaginales), surtout chez la femme. C’est pourquoi, il est nécessaire que le patient se lave soigneusement les mains avec du savon et de l’eau, qu’il les rince puis les essuie avec un linge propre ou un essuie-main à usage unique.

Chez la femme en cas de pertes vaginales, le recueil se fera après pose d’une protection vaginale type tampon ou compresse. Dans tous les cas, il faut:

  • faire une toilette soigneuse périnéo-vulvaire, par exemple de la façon suivante: avec une main, écarter les grandes et petites lèvres et laver la vulve avec une compresse imprégnée de savon antiseptique par un seul mouvement d’avant en arrière, jeter la compresse et répéter le même geste avec 3 autres compresses imprégnées de savon, puis avec une compresse imbibée d’eau pour enlever le savon,
  • éliminer le 1er jet dans les toilettes puis recueillir les urines dans le récipient stérile (généralement fourni par le laboratoire) que l’on tiendra de façon à ne pas toucher son bord supérieur.

Chez l'homme:

  • découvrir entièrement le gland et faire une toilette soigneuse à l’eau et au savon,
  • le prépuce étant relevé, éliminer le 1er jet dans les toilettes puis recueillir en milieu de jet la suite de la miction dans le récipient stérile que l’on tient de façon à ne pas toucher son bord supérieur.

Le recueil du 1er jet urinaire peut être prescrit dans certains cas par le médecin, pour rechercher une infection urétrale ou prostatique.
Une fois le prélèvement effectué, fermer soigneusement le récipient, l’identifier avec le nom, prénom, date et heure du recueil, et le porter au laboratoire dans les plus brefs délais, inférieur à 1 heure sinon conserver au réfrigérateur (maximum 3 heures).

L'examen de biologie médicale

Dans quel but est-il prescrit ? 
Pour diagnostiquer une infection urinaire.

 

Quand est-il prescrit ?
On prescrit un ECBU quand des symptômes d’infection urinaire sont présents, c’est -à-dire un besoin impérieux d’uriner souvent et douloureusement. Par définition, on considère qu’une infection urinaire est compliquée si l’infection est haute (il s’agit alors d’une pyélonéphrite: voir explications plus bas) ou si l’infection survient chez un sujet présentant des risques élevés de complications (c’est-à- dire un homme, une femme enceinte, un enfant, un sujet âgé, un diabétique, un sujet aux défenses immunitaires amoindries ou un insuffisant rénal).
Chez les jeunes femmes qui ne présentent pas de signes de complications de leur infection urinaire, il est possible de prescrire des antibiotiques sans que forcément un ECBU soit effectué au préalable. En revanche, si l’infection urinaire est compliquée ou si les symptômes ne s’améliorent pas grâce au traitement antibiotique, alors un ECBU est recommandé. Un ECBU peut également être prescrit chez une femme enceinte sans aucun symptôme d’infection urinaire si les bandelettes urinaires évoquent la possibilité d’une infection. Chez une femme enceinte, la présence de bactéries dans l’urine peut en effet rapidement se compliquer, ce qui peut alors affecter gravement leur santé et le développement de leur fœtus.

 

Comment interpréter son résultat ?
La présence d’un seul type de bactérie en quantité supérieure à 10 000 par mL avec plus de 5 leucocytes par mm3 peut généralement être considéré comme le signe à peu près certain d’une infection urinaire. Si aucune bactérie ou si moins de 10 000 bactéries sont présentes par mL, ceci suggère qu’il ne s’agit pas d’une infection urinaire, surtout si moins de 5 leucocytes sont présents par mm3. En présence de plus de 5 leucocytes par mm3 avec aucune bactérie ou avec moins de 10 000 bactéries par mL, cela peut signifier que le patient a reçu des antibiotiques avant l’ECBU, ou que le recueil de l’urine a été défectueux, ou que le patient a beaucoup bu avant l’ECBU, ou qu’il y a une atteinte rénale ou une infection urétrale ou génitale ou une tuberculose ou toute infection à bactérie ne cultivant pas sur les milieux usuels (anaérobies notamment). Selon le cas, un nouvel ECBU peut être prescrit, au moins 48 heures après l’arrêt des antibiotiques. Si l’ECBU met en évidence plusieurs types de bactéries, alors il s’agit généralement d’une contamination, surtout si parmi ces bactéries il y a un Lactobacillus ou une autre bactérie non pathogène d’origine vaginale. Si les symptômes persistent, il peut être recommandé de faire un nouvel ECBU en étant vigilant à effectuer le prélèvement d’urine bien proprement (voir explications plus haut).
En présence d’un seul type de bactérie en quantité supérieure à 10 000 par mL avec plus de 5 leucocytes par mm3, un antibiogramme est généralement effectué de manière à bien orienter le traitement antibiotique. Une infection bactérienne qui n’est pas traitée assez rapidement ou qui n’est pas traitée correctement peut avoir des conséquences fâcheuses, par exemple aller s’étendre à d’autres parties de l’organisme (si cette extension se fait par le sang, on parle de bactériémie ou de septicémie avec métastases septiques). Le traitement antibiotique permet également de soulager assez rapidement la douleur.

 

Y a-t-il d’autres choses à savoir ?
Chez la femme ou l’adolescente, les cystites sont fréquentes. Le plus souvent, on ne retrouve pas de cause très précise. Les germes du périnée (colibacille le plus souvent) viennent infecter l'urètre, très court chez la femme, puis la vessie, parfois, à la faveur des rapports sexuels (une bonne mesure préventive consiste alors à uriner après les rapports, ce qui chasse les microbes avant qu'ils ne se développent). Mais, on retrouve parfois des causes curables chirurgicalement: sténose du méat urétral, calcul de la vessie, tumeur...
Chez l'homme, une cystite est rare et doit toujours faire rechercher une cause précise: prostatite (infection de la prostate) le plus souvent, calcul de la vessie, tumeur, obstacle au libre écoulement de l'urine favorisant la stagnation (adénome de la prostate, cancer prostatique, sténose de l'urètre ou toute autre anomalie de l’arbre urinaire favorisant l’infection). Une prostatite (ou infection de la prostate) est soit secondaire à une urétrite (chaude-pisse), soit elle survient par voie sanguine (la bactérie a été transporté par le sang au cours d'un abcès dentaire par exemple). Contrairement à la cystite, la prostatite associe une fièvre rapidement élevée (39° à 40°) avec des oscillations importantes. S’y ajoutent également de fausses envies d'aller à la selle. Au toucher rectal, la prostate est très douloureuse. La prostatite peut se compliquer de rétention d'urine, qu'il faut alors drainer par un cathéter sus-pubien et non une sonde qui occasionnera l'infection et la douleur. Si la prostatite évolue vers l'abcès, il peut s'évacuer spontanément par l'urètre (vomique urétrale: issue brutale de pus vers l'urètre). Parfois, il faut drainer l’abcès chirurgicalement (par voie rectale le plus souvent).
Une urétrite est une infection de l'urètre, le plus souvent, après contact vénérien (rapport sexuel avec une personne contaminée). C'est la classique « chaude-pisse ». Les complications à court terme sont la prostatite et l'épididymite (infection des testicules), et plus tard, mal traitée, la sténose de l'urètre dont le traitement est difficile.
Une pyélonéphrite est une infection du haut appareil, c’est à dire de l'uretère, du bassinet et surtout du rein. Ces infections sont dangereuses car elles peuvent être le point de départ de septicémie grave et elles peuvent détruire rapidement le rein. Deux symptômes permettent de distinguer une pyélonéphrite d’une simple infection basse (par exemple une cystite): une fièvre rapidement élevée (39° - 40°) avec des oscillations importantes, et des douleurs lombaires (c’est-à-dire dans le bas du dos) du côté atteint. Les pyélonéphrites peuvent avoir deux origines qu’il faut identifier rapidement, car les antibiotiques peuvent ne pas suffire:

  • soit un obstacle au libre écoulement de l'urine à un endroit quelconque de l'uretère (calcul, tumeur, sténose bilharzienne ou tuberculeuse, malformation congénitale) et il sera urgent de lever cet obstacle chirurgicalement,
  • soit un reflux d'urine infectée de la vessie vers le rein.

C’est pourquoi, il peut être nécessaire de pratiquer une urographie intraveineuse en urgence. Cette urographie n'est pas toujours facile à obtenir quand on est éloigné d'un hôpital bien équipé. Dans ce cas, et dans ce cas seulement, on peut commencer le traitement antibiotique mais, si rapidement, en 24 ou 48 heures, la fièvre ne régresse pas et la fosse lombaire reste douloureuse, il faut alors absolument essayer d'obtenir cette radiographie car un obstacle avec des urines infectées stagnant en amont peut rapidement entraîner la destruction du rein. Cependant, il faut savoir que chez la femme enceinte, la pyélonéphrite aiguë par reflux est fréquente et la radiographie dangereuse; on la traitera donc le plus souvent sans radiographie, mais il faudra en faire soit après la grossesse, soit avant la fin de la grossesse si la fièvre ne régresse pas.
La plus redoutable des pyélonéphrites par obstacle est celle qui atteint l'homme dont la vessie et les uretères sont distendus par un obstacle prostatique (adénome) ou urétral (sténose) de longue date, et dont les urines s'infectent (souvent à l'occasion d'un sondage intempestif) car les deux reins, déjà atteints par la distension, se trouvent infectés en même temps, et l'insuffisance rénale s'aggrave alors brutalement, le traitement consiste alors à drainer la vessie, afin que les uretères se vident bien, grâce à une sonde vésicale et associer l'antibiothérapie.
Quand on souffre d’infections urinaires à répétition, un ECBU avec antibiogramme peut être recommandé à chaque épisode. Avec le temps, les bactéries peuvent devenir de plus en plus résistantes aux antibiotiques, ce qui rend indispensable de bien adapter le traitement antibiotique et de le suivre correctement et sans interruption. Les patients souffrant de maladie rénale ou de maladies affectant les reins telles que le diabète ou les patients dont le système immunitaire est fragilisé font plus volontiers que les autres des infections urinaires à répétition.

Questions fréquentes

Pour une bonne prescription

Voir le lien ci-après:

http://www.cuen.fr/umvf/spip.php?rubrique179