ECBU

Synonymes: Uroculture
Nom officiel: Examen cytobactériologique des urines
Examens apparentés: Bandelettes urinaires, Hémoculture, Susceptiblity Testing

Qu'est-ce qui est analysé ?

Un ECBU consiste en un examen cytologique et bactériologique des urines. Un ECBU peut être effectué dans le but de diagnostiquer une infection ou pour contrôler l’efficacité du traitement antibiotique.
La présence de pus visible à l’œil nu (pyurie) ou au microscope, de leucocytes (leucocyturie) et de germes en quantité significative (bactériurie) définit l'infection urinaire. Si ces signes biologiques sont accompagnés de symptômes d’infection tels qu’un besoin impérieux d’uriner souvent et douloureusement, on parle d’infection urinaire symptomatique. Dans le cas contraire on parle d’infection urinaire asymptomatique.
L’urine est produite par les reins, qui sont situés de part et d’autre de la colonne vertébrale à la base de la cage thoracique. Les reins filtrent le sang et éliminent les déchets dans l’urine. L’urine passe du rein à la vessie par des tubes appelés uretères. L’urine est stockée dans la vessie en attendant d’en être évacuée par un autre tube appelé urètre. A l’état normal, l’urine est un liquide jaune, limpide et stérile (c’est-à-dire qu’elle ne contient aucun micro-organisme).
Une infection qui se limite à l’urètre s’appelle une urétrite. Des bactéries (ou plus rarement des levures) peuvent parfois remonter l’urètre et causer une infection urinaire. Quand l’infection urinaire remonte jusqu’à la vessie, mais pas au-delà, on dit qu’il y a infection du bas appareil (ou infection basse). La prostatite et la cystite sont deux exemples d’infections du bas appareil (voir explications plus bas). La cystite désigne une infection de la vessie. La prostatite désigne une infection de la prostate. Quand l’infection atteint le rein ou les uretères, il s’agit d’une infection urinaire du haut appareil (ou infection haute). L’infection qui atteint les reins s’appelle pyélonéphrite.

Quand le technicien de laboratoire réceptionne l’échantillon d’urine, il effectue un examen macroscopique de l’urine où il note:

  • l’aspect: limpide, ou trouble (cet aspect suggère la présence de leucocytes), ou hématurique (cet aspect suggère la présence de sang).
  • la couleur: jaune pâle, jaune foncé (ce qui renseigne sur la concentration en eau de l’urine).
  • l’odeur: si l’odeur est fétide, il pensera aux bactéries anaérobies.
  • la présence de filaments dans les urines suggère une infection de l'urètre.

Il ensemence rapidement les milieux de culture de base (chaque milieu se présente sous forme d’une mince couche de substance nutritive gélifiée) à raison d’une goutte d’urine par milieu de culture. Cet ensemencement doit être effectué rapidement après émission de l’urine car l’urine est un excellent milieu de culture et les résultats risqueraient fort d’être faussés si l’on tardait trop. Si l’ensemencement doit être différé de plus d’une heure par rapport au prélèvement de l’urine, il peut être conseillé de placer l’urine au réfrigérateur, sans toutefois dépasser 2 ou 3 heures au plus (voir paragraphe ci-dessous).
Le technicien place également une goutte d’urine dans une micro-cellule en verre de volume précisément égal à 1mm3. Il compte ensuite au microscope le nombre de leucocytes et le nombre de globules rouges contenus dans ce mm3. Dans une urine normale, le nombre de leucocytes doit être inférieur à 5/mm3, soit 5000/ml. Au delà de ce chiffre, on dit qu’il y a une leucocyturie. Il existe de rares infections urinaires sans leucocyturie, par exemple si le patient est sévèrement leucopénique (ce qui signifie qu’il est incapable de fabriquer des leucocytes en quantité suffisante, par exemple certains nouveaux-nés ou femmes enceintes, ou encore suite à une irradiation ou à une chimiothérapie anti-cancéreuse) ou encore si le patient a beaucoup bu avant le prélèvement d’urine ce qui dilue l’urine et peut masquer la leucocyturie. Le technicien note aussi la présence, en précisant leur quantité, d’autres éléments éventuellement présents tels que:

  • des cellules épithéliales qui signeraient une contamination vaginale chez la femme, ce qui ne permettrait pas d’interpréter correctement le résultat de l’ECBU,
  • des cellules rénales, vésicales ou de débris ou conglomérats cellulaires tels les cylindres granuleux, hématiques ou hyalins,
  • des microorganismes,
  • des cristaux, en précisant également leur nature, voire leur taille et leur capacité à s’agréger entre eux.

La présence de certains cristaux n’est toutefois interprétable que si l’urine a été prélevée à jeun et si l’examen a été effectué dans l’heure qui suit le prélèvement,

  • de Trichomonas (ces derniers se repèrent surtout grâce à leur mobilité qui se perd progressivement puis totalement en quelques heures après le prélèvement),
  • de spermatozoïdes.

En fonction des examens macroscopique et microscopique ou des renseignements cliniques dont il dispose ou de la prescription médicale, le technicien peut être amené à ensemencer des milieux de culture supplémentaires, pour mettre en évidence des bactéries ne cultivant pas ou mal sur les milieux usuels, telles que les mycobactéries (familles de bactéries responsables notamment de la tuberculose), bactéries anaérobies, Haemophilus, levures ou à utiliser d’autres techniques pour mettre en évidence des bactéries telles que Chlamydiae trachomatis (bactérie transmise par voie sexuelle qui peut causer des urétrites ou d’autres types d’infections génito-urinaires, pouvant parfois se compliquer d’une infertilité).
Les milieux de culture sont ensuite placés à 37°C (c’est-à-dire à la température de l’organisme) pendant au moins 18 à 24 heures.
Les micro-organismes présents dans l’urine se multiplient jusqu’à devenir visibles sous la forme de petites colonies circulaires de +/-1 mm de diamètre. La taille, la forme, l’aspect, la couleur de ces colonies sur les différents milieux de culture constituent autant d’indications sur la nature des bactéries. Le nombre de colonies indique la quantité de bactéries présentes dans l’échantillon d’urine. Habituellement, dans une infection urinaire franche, il y a plus de 1.000.000 colonies par mL. Si le patient a beaucoup bu avant de faire son ECBU, ce nombre peut être divisé par 10 par simple dilution de l’urine. Si l’urine a eu peu le temps de séjourner dans la vessie, ce nombre peut être divisé par plus de 10. Si le nombre de bactéries en culture diminue en deçà de 10.000/mL, une contamination de l’urine (sans rapport avec une infection urinaire) est à envisager, sauf si le patient a reçu un traitement antibiotique dans les 24 à 48 heures précédant l’ECBU. Les contaminations sont dues à un prélèvement défectueux. Elles sont dues à des bactéries présentes sur la peau ou sur les muqueuses (vaginale ou anale) et qui sont entrainées dans l’urine lors du prélèvement.
En règle générale, dans une infection urinaire, une seule espèce de bactérie est présente. Bien qu’il existe parfois des infections impliquant plusieurs espèces de bactéries, la présence de plusieurs bactéries signe généralement une contamination.
Le technicien pratique ensuite divers tests sur les colonies isolées sur les milieux de culture. Il peut commencer à observer les bactéries au microscope, où il apprécie leur forme allongée ou arrondie, leur mobilité éventuelle, leur capacité éventuelle à retenir les colorants utilisés pour la coloration dite de Gram. Par exemple, la bactérie Escherichia coli (également appelée colibacille), qui est responsable de la majorité des infections urinaires, est un bacille à Gram négatif (c’est-à-dire qu’il apparaît sous la forme de petits bâtonnets roses), tandis que Lactobacillus, qui est un contaminant vaginal usuel des urines féminines est un bacille à Gram positif (c’est-à-dire qu’il apparaît sous la forme de bâtonnets violets un peu plus fins et longs que le colibacille). Certaines de ces bactéries, par exemple les Lactobacillus, ne sont pas pathogènes (c’est-à-dire qu’elles ne causent pas d’infection) et ne nécessitent pas de tests supplémentaires.
Si la leucocyturie est supérieure à 5/mm3 et si la bactériurie est mono-microbienne et supérieure ou égale à 100.000/mL, et s’il s’agit de bactéries potentiellement pathogènes, notamment les bacilles à Gram négatif, il est nécessaire de poursuivre l’analyse par des tests additionnels afin de déterminer l’espèce bactérienne et de tester la sensibilité de cette espèce aux antibiotiques. C’est ce que l’on appelle l’antibiogramme.
Les situations dans lesquelles, le technicien peut être amené à ne pas poursuivre l’analyse bactériologique (et donc à ne pas faire d’antibiogramme) sont indiquées dans le tableau ci-dessous avec les commentaires qu'il peut alors adresser au médecin.  Ne connaissant pas forcément les motivations du prescripteur, il est plus prudent si on décide de ne pas poursuivre l’analyse bactériologique de conserver les cultures bactériennes quelques jours voire une semaine au laboratoire afin de pouvoir poursuivre l’analyse si le médecin le demandait de manière différée. L’antibiogramme évalue la capacité de la bactérie isolée à pousser ou non en présence de divers antibiotiques de façon à savoir quel traitement antibiotique a le plus de chances d’être efficace pour guérir l’infection.

 

Nombre de leucocytes
par mm3

Nombre de colonies
par mL

Nombre de types
de bactéries
Réponse du laboratoire
<5a 0   Cultures stériles
>5a 0, à confirmer après 48 heures d'incubation   La présence d'une leucocyturie sans bactéries suggère plusieurs causes possibles: traitement antibiotique préalable, recueil défectueux de l'urine, diurèse abondante, atteinte rénale, infection génitale, tuberculose ou toute infection à bactérie ne cultivant pas sur les milieux usuels (anaérobies notamment).
<5a <10 000    1 Culture mono-microbienne non significative quantitativement avec absence de leucocyturie significative.
<5a <10 000 >1 Culture poly-microbienne non significative quantitativement avec absence de leucocyturie significative.
<5a >=100 000 1b La discordance entre l'absence de leucocyturie significative et la bactériurie mono-microbienne ne permet pas de conclure.
<5a >=100 000 >1b La discordance entre l'absence de leucocyturie significative et la bactériurie poly-microbienne ne permet pas de conclure.
>5 <10 000 1g La culture de bactéries en quantité non significative rend cet ECBU difficilement interprétable malgré la leucocyturie.
>5a <10 000 >1g La culture de bactéries variées et en quantité non significative rend cet ECBU difficilement interprétable malgré la leucocyturie.
>5a >=100 000 >1g La culture de bactéries variées rend cet ECBU difficilement interprétable malgré la leucocyturie.

 

 

Présence de cellules épithéliales à l’examen microscopique d’une urine féminine ou présence de Lactobacillus en culture. Culture ou examen direct évoquant une contamination vaginale, ce qui ne permet pas d’interpréter une éventuelle leucocyturie. Renouveler l'examen, à distance de tout traitement antibiotique, sur les premières urines du matin recueillies en milieu de jet après toilette locale et protection vaginale.

Légendes

 

a le seuil de 5 leucocytes est valable pour une urine sans hématurie (c’est-à-dire sans globules rouges). En présence d’une hématurie, le seuil peut être augmenté à raison d’un leucocyte pour 1000 globules rouges (ce qui correspond à la proportion que l’on retrouve dans le sang).

b dans ces deux situations, l’antibiogramme sur la bactérie unique ou bien sur une ou deux bactéries dominantes peut être effectué d’emblée s’il s’agit d’un enfant âgé de moins de 1 an ou d’une femme enceinte ou d’un patient porteur d'une sonde urinaire et surtout en cas de patient sévèrement leucopénique car dans ce type de situation une infection urinaire est possible même en absence de leucocyturie significative.

g dans ces trois autres situations, l’antibiogramme sur la bactérie unique ou bien sur une ou deux bactéries dominantes peut être effectué d’emblée s’il s’agit d’un enfant âgé de moins de 1 an ou d’une femme enceinte ou d’un patient sondé.

La présence de certaines bactéries peut faire évoquer des pathologies sous-jacentes. Par exemple, la découverte de Proteus mirabilis (avec une leucocyturie significative) doit faire suspecter l'existence d'un calcul urinaire car ces germes (le mot germe est un synonyme du mot bactérie) ont le pouvoir de provoquer leur formation. De même, la découverte de Salmonella non typhi (avec une leucocyturie significative) doit faire suspecter l'existence d'un problème urologique (occulte) ou une immunodépression ou une infection par un schistosome ou un contact avec des animaux exotiques.
Une banale cystite peut s’accompagner de la présence de globules rouges dans l’urine (ou hématurie). Toutefois, en présence d’une hématurie, il faudra toujours penser qu’une autre cause, responsable à la fois de l’infection et de l’hématurie, peut exister, notamment un calcul de la vessie, une tumeur de la vessie ou du rein, une bilharziose.

 

Comment l'échantillon est-il recueilli ?
Pour un ECBU, l’urine peut être prélevée à toute heure du jour. Toutefois, il est préférable de recueillir l’urine le matin au réveil. Il est également souhaitable que l’urine ait séjourné au moins 3 heures dans la vessie afin que le nombre de bactéries soit suffisant pour la culture. Et surtout, il est nécessaire de faire un ECBU avant de débuter un traitement antibiotique (ou après au moins 48 heures d’arrêt d’un tel traitement) sous peine d’empêcher les bactéries de pousser.
Lors du prélèvement, il faut éviter de contaminer l’urine par des bactéries présentes sur la peau ou les muqueuses (notamment les muqueuses anales ou vaginales), surtout chez la femme. C’est pourquoi, il est nécessaire que le patient se lave soigneusement les mains avec du savon et de l’eau, qu’il les rince puis les essuie avec un linge propre ou un essuie-main à usage unique.

Chez la femme en cas de pertes vaginales, le recueil se fera après pose d’une protection vaginale type tampon ou compresse. Dans tous les cas, il faut:

  • faire une toilette soigneuse périnéo-vulvaire, par exemple de la façon suivante: avec une main, écarter les grandes et petites lèvres et laver la vulve avec une compresse imprégnée de savon antiseptique par un seul mouvement d’avant en arrière, jeter la compresse et répéter le même geste avec 3 autres compresses imprégnées de savon, puis avec une compresse imbibée d’eau pour enlever le savon,
  • éliminer le 1er jet dans les toilettes puis recueillir les urines dans le récipient stérile (généralement fourni par le laboratoire) que l’on tiendra de façon à ne pas toucher son bord supérieur.

Chez l'homme:

  • découvrir entièrement le gland et faire une toilette soigneuse à l’eau et au savon,
  • le prépuce étant relevé, éliminer le 1er jet dans les toilettes puis recueillir en milieu de jet la suite de la miction dans le récipient stérile que l’on tient de façon à ne pas toucher son bord supérieur.

Le recueil du 1er jet urinaire peut être prescrit dans certains cas par le médecin, pour rechercher une infection urétrale ou prostatique.
Une fois le prélèvement effectué, fermer soigneusement le récipient, l’identifier avec le nom, prénom, date et heure du recueil, et le porter au laboratoire dans les plus brefs délais, inférieur à 1 heure sinon conserver au réfrigérateur (maximum 3 heures).


Le contenu a été actualisé le: 19.03.2013

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